上海海事大学有航海技术、轮机工程、航运管理、物流管理、热能与动力工程、交通运输、交通工程、管理科学、工商管理、国际经济与贸易、会计学、电气工程及其自动化、机械电子工程、物流工程、自动化、电气工程与智能控制等王牌专业。
国家级特色专业:物流管理、航海技术、机械设计制造及其自动化、轮机工程、航运管理。
学科建设:国家重点(培育)学科:交通运输规划与管理(隶属交通运输学院)。
交通部重点学科:产业经济学、交通运输规划与管理。
上海市重点学科:载运工具运用工程、交通运输规划与管理、物流管理与工程、港口机械电子工程、国际法学(海商法)。
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